Prima della costituzione del catalogo su schede mobili i frati cappuccini catalogavano i libri su quaderni manoscritti suddivisi per materie secondo una suddivisione tematica che rispecchiava gli orientamenti della vecchia biblioteca del convento: oratoria, letteratura, scriptura sacra, patristica, ascetica, mistica, agiografia, franciscalia, teologia dogmatica e teologia morale, diritto canonico, diritto civile, storia, filosofia, scienze, miscellanea. La consultazione di questi cataloghi, che possono essere richiesti al servizio del prestito, integra la consultazione del catalogo per soggetti su schede e può essere utile a chi è interessato ai volumi del fondo antico.
Si segnala inoltre l'esistenza di tre antichi inventari della biblioteca dei Cappuccini di Lugano, che hanno una rilevanza essenzialmente sul piano storico:
