Il catalogo su schede è stato iniziato dai frati cappuccini, per loro uso, anteriormente all'apertura della biblioteca al pubblico, ed è stato in seguito aggiornato a cura dell'Associazione Biblioteca Salita dei Frati con le nuove accessioni entrate a partire dall'apertura della Biblioteca avvenuta nel 1980. Nel 2001 la catalogazione su schede è stata definitivamente interrotta: da quella data tutte le nuove accessioni vengono catalogate unicamente nel catalogo elettronico del Sistema bibliotecario ticinese.
Il catalogo su schede è ancora indispensabile per una conoscenza completa dei vecchi fondi in quanto l'inserimento nel catalogo elettronico del pregresso non è ancora conclusa. Il catalogo comprende un catalogo per autori ed un catalogo per soggetti, quest'ultimo meno completo del precedente. Il catalogo per soggetti può essere integrato, limitatamente al fondo antico, con la consultazione di vecchi cataloghi manoscritti.
Nel catalogo su schede per autori è integrata una copia delle schede bibliografiche della biblioteca del Convento del Bigorio, riconoscibili per la presenza della sigla "Big." nella segnatura.
Accanto al catalogo relativo ai due principali fondi librari della biblioteca (fondo antico e fondo moderno sino al 2001), sono a disposizione del pubblico altri cataloghi su schede concernenti fondi o opere depositati presso la Biblioteca Salita dei Frati:
