La biblioteca è costituita principalmente dal Fondo antico, che è la libreria conventuale come si è andata sviluppando dalla fondazione a Sorengo (1565) fino al 1980, e dal Fondo moderno, che comprende i libri acquisiti dall’Associazione da quando la biblioteca è stata affidata alle sue cure. Sono inoltre presenti i fondi, trasferiti a Lugano, di alcuni conventi cappuccini svizzeri, il fondo di padre Giovanni Pozzi, alcuni fondi dovuti a donazioni di privati e il fondo dei periodici.
